福建省地势西北高，东南低，横亘两列山脉，西部是武夷山脉，中部是鹫峰山脉-戴云山脉和博平岭。由于地跨中亚热带和南亚热带两个自然地理带，属亚热带海洋性气候。良好的自然地理环境，为众多生物提供了理想的栖息、繁衍场所，造就了福建丰富的生物多样性。
我国自然保护区事业通过长期探索，逐步形成了具有中国特色的保护管理制度，可以简单地概括为“分类分区分级分部门”管理制度。我国自然保护区一般按主要保护对象的不同分为生态系统、野生生物和自然遗迹三大类别9种类型。按事权划分原则，我国自然保护区分为4级：国家级、省（自治区、直辖市）级、市（自治州）级、县（自治县、旗、县级市）级。在自然保护区内部按照主导功能性差异分为核心区、缓冲区和实验区，分别对各功能区实施不同的管理政策。我国自然保护区采用综合管理与分部门管理相结合的管理体制。
数据禾（databox.store）根据福建省环保厅、林业厅、农业厅、国土厅等部门发布的自然保护区名录，以及自然保护区功能区划图，收集截止年4月的福建省自然保护区本底资料。在国家大地坐标系（CGCS）下，基于高分辨率卫星影像，通过图上同名点的地理匹配，以及经纬网格间的误差计算，实现自然保护区功能区划图与卫星影像之间的地理配准。然后，对每个自然保护区的核心区、缓冲区及实验区进行面状要素矢量化。最后，对面状要素进行拓扑检查，修改合格后，完成福建省国家级自然保护区分布数据的制作，共计13个国家级自然保护区。
（1）福建省将乐龙栖山国家级自然保护区
龙栖山国家级自然保护区位于将乐县西南部，为国家级的自然保护区，类型为森林生态系统类型自然保护区。龙栖山自然保护区主要保护对象有：保护区中亚热带森林植被生态系统和自然景观，华南虎、金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉等国家重点保护野生动物，及其它具有巨大经济价值的野生动物及其栖息地；以及南方红豆杉等珍稀植物资源及保护区内的生物多样性。
（2）福建省泰宁峨嵋峰国家级自然保护区
泰宁峨嵋峰自然保护区地处武夷山脉中段福建省泰宁县境内的西北部，成立于年，保护区与江西的黎川接壤，截止年总面积.59公顷。该保护区属野生生物类型自然保护区，主要保护对象:世界极度濒危的水生植物东方水韭及其栖息地-中山沼泽湿地群、珍稀雉科鸟类、大面积亚热带原生性亮叶水青冈落叶阔叶林。
（3）福建省建宁闽江源国家级自然保护区
福建闽江源国家级自然保护区地处福建省三明市建宁县境内东南部，于年2月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。该保护区属野生生物类型的自然保护区，主要保护对象是:武夷山脉中段重要的生物区系组份、大面积的钟萼木和南方红豆杉原生种群、独特的生物群落类型和福建闽江正源头森林植被。
（4）福建省永安天宝岩国家级自然保护区
永安天宝岩国家级自然保护区位于福建省中部永安市，地处戴云山余脉，属中亚热带海洋性季风气候区，地带性土壤为花岗岩和砂岩风化发育成的红壤，是森林生态类型自然保护区。主要保护对象为：长苞铁杉林、猴头杜鹃林、南方山间盆地泥炭藓沼泽、野生兰科植物及中亚热带常绿阔叶林生态系统。
（5）福建省德化戴云山国家级自然保护区
福建省戴云山国家级自然保护区地处福建省泉州市德化县，为福建省最早建立的自然保护区之一。戴云山位于中亚热带和南亚热带的交界线上，体现出中亚热带与南亚热带气候、土壤、植被、动物、植物等的过渡特征。主要保护对象有：南方红豆杉、长苞铁杉及东南沿海典型的山地森林生态系统。
（6）福建省晋江深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
福建深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区坐落于福建省晋江市深沪镇，以保护距今多年的海底古森林、距今-年历史的古牡蛎礁遗迹及周边海岸带典型地质地貌为主要内容的国家级海洋自然保护区，主要保护对象为海底古森林和牡蛎礁遗迹，对研究2万年前的古地理、古植物、古气候及海陆变迁等具有十分重要的价值。
（7）福建省云霄漳江口红树林国家级自然保护区
漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口，保护区总面积hm2，为福建省最重要的湿地生态系统类型的国家级自然保护区。主要保护对象为：红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质水产种质资源。
（8）福建省南靖虎伯寮国家级自然保护区
福建虎伯寮国家级自然保护区位于福建省东南部，博平岭山脉的东南坡，九龙江西溪上游，南靖县境内南部和北部。保护区是中国南亚热带东部低纬度、低海拔唯一保存完整、连片、大面积的南亚热带雨林森林生态系统，同时也是全球同纬度具有雨林特征的、残存的、较原始的森林生态系统，具有很高的保护和科研价值。
（9）福建省南平茫荡山国家级自然保护区
福建茫荡山国家级自然保护区位于南平市延平区西北部，保护区总面积.3公顷，森林覆盖率达91.1%。该保护区属于森林生态系统类型自然保护区，主要保护对象为重要的杉木原生种群与种质资源、典型的中亚热带沟谷森林生态系统和丰富的珍稀濒危野生动植物资源。
（10）福建省武夷山国家级自然保护区
福建武夷山国家级自然保护区地跨福建省武夷山市、建阳市、光泽县、邵武中市，类型为森林生态系统自然保护区，主要保护对象为亚热带森林生态系统。
（11）福建省汀江源国家级自然保护区
汀江源国家级自然保护区位于长汀县境内，地处汀江源头，保护区总面积.7hm2，包括圭龙山、中磺和大悲山三个片区。保护区森林覆盖率达93.1%，主要保护对象为原生性的中亚热带常绿阔叶林生态系统、特色的汀江流域鱼类区系、川藻的模式标本产地、丰富的大型真菌资源、汀江源头重要水源涵养林，属森林生态系统类型自然保护区。
（12）福建省梅花山国家级自然保护区
福建省梅花山自然保护区位于福建省上杭、龙岩、连城三县交界处，面积公顷，类型为森林生态系统保护区，主要保护对象为以华南虎为代表的珍稀动植物和典型森林生态系统。
（13）福建省武平梁野山国家级自然保护区
福建省梁野山国家级自然保护区位于福建武平县境内，山系为武夷山脉最南端，南岭山脉东头，总面积公顷。该保护区类型为森林生态系统自然保护区，主要保护对象包括国家一级重点保护植物南方红豆杉种群及其良好生境，珍稀保护动植物，稀有或罕见的森林生态系统，野生兰科植物资源与生境和重要汇水区。